古埃及文明作为人类历史上最为灿烂且延绵最长的文明之一，自约公元前3150年至公元前30年间，经历了多个重要的历史阶段。尽管考古学对于其文化和社会结构已有深入研究，但由于气候条件和时间流逝导致的DNA降解，直至最近，古埃及早期的全基因组数据一直难以获得。因此，真正揭开早期埃及人群基因组成的面纱，依然是考古遗传学领域的重磅难题。2025年发表在权威期刊《Nature》上的一项最新研究，通过对一名早王朝时期的成年男性个体——出土自卡纳塔（Nuwayrat）墓地的牙齿DNA进行2×覆盖度的全基因组测序，首次成功揭示了约公元前2855年至前2570年之间个体的完整基因谱系。这不仅极大推动了古埃及古基因组研究，也为理解古埃及文明的发展背景带来新的视角。该男子的遗骸被发现时安葬于陶坛中，并埋藏在岩石墓中，这种非典型的埋葬方式或许促成了DNA的良好保存。
精确的放射性碳定年技术确认其生活于埃及统一后的几个世纪，连接了早期王朝与古王国时期。根据基因组的定量分析，他的遗传组成主要呈现出约77.6%的北非新石器时代人口谱系，这一部分与目前中摩洛哥地区公元前4780年至4230年的新石器考古遗址基因组类似，这表明当时的埃及人口在很大程度上是继承了自北非的先民群体。然而，近20%的基因组显示出与东部肥沃月湾地区，特别是古代两河流域新石器人群的密切关系。此基因组亲缘性与古代安纳托利亚及黎凡特地区新石器时代至青铜时代的基因遗传趋势相似。该发现极大地印证了考古学中有关文化传播不仅仅是物质文化的交流，亦包含了人口迁移和基因流动的假设。长期以来，考古证据已证明早至公元前六千年甚至更早，埃及与近东地区存在着频繁的贸易和文化往来。
诸如驯养动物、农作物、瓷器制造技术、绘画风格以及早期文字系统的传播，均体现了跨区域的深度交互。但此前缺乏古DNA证据限制了学者们对人群迁徙路径和基因联系的定论。本次研究中，基因组数据与传统的人类学指标相互印证。通过牙齿形态学及颅骨测量，该古埃及个体同时显示出与北非及近东人群更为接近的生物学亲缘性。此外，该男性基因组的线粒体DNA和Y染色体均属于现代北非以及西亚人群常见的单倍型群，这也佐证了上述结论。从饮食同位素数据分析来看，他的生活适应了尼罗河谷炎热干燥的环境，食谱包括小麦、大麦及陆生动物蛋白，符合当时埃及地区考古与历史数据记录的典型普遍人群饮食结构。
其骨骼及关节状况也反映出此人可能从事长年体力劳动，甚至可能是陶工工作者，这与其相对高贵的埋葬地位形成内涵丰富的对比和研究价值。综合基因组学分析显示，没有该个体近期近亲繁殖的迹象，说明其所在群体较为遗传多样性，这也是对古代埃及人口结构的独特洞察。研究通过基于qpAdm的模型对比分析，排除了单一来源群体对该基因组的解释，而认为其遗传成分源于两个主要祖先群体：北非新石器人代表的群体和近东新石器晚期之间存在显著混合。追溯其东部祖源的具体来源，研究人员用多组统计检验进一步确认了与新石器时代两河流域人群的显著遗传联系。该联系或许反映了史前时期复杂的人口迁徙模式，也可能是跨地中海及红海沿岸交通网络活跃的生动遗迹。值得注意的是，该个体基因组中未发现显著的东非埃塞俄比亚或撒哈拉以南非洲地区族群的遗传印记，这对理解当时埃及与撒哈拉以南非洲人群间有限基因交流提供了重要证据。
通过与公元前后时期（第三中间时期）的较晚古埃及个体的对比研究显示，埃及人口构成在数千年间不断演变。后期个体中黎凡特地区青铜时代遗传成分比例显著提升，暗示了青铜时代至铁器时代中，特别是古埃及历史上的外族影响（如喜克索斯及迦南人扩张）的可能基因反映。进一步分析到现代埃及人群显示，现代埃及的遗传组成呈现五大主要祖源群体融合的特征：古王国时期的北非本土新石器人群相关祖源、黎凡特青铜时代群体、埃塞俄比亚地区的东非祖源，以及西非地区的历史性遗传贡献，这反映出埃及作为连接非洲及欧亚大陆的桥梁，历史上经历了多阶段复杂的基因交流与混合。这一研究不仅突破了因DNA保存条件差而长期未能对古埃及早期全基因组展开深入研究的瓶颈，同时也直接回答了古代埃及人与邻近地区人口之间的遗传联系是否存在实体证据。前者曾依赖于文化考古和艺术符号的间接印证，后者终于得到了实质性的基因组数据支持。这对揭示古埃及文明的起源及其与整个中东-北非地区复杂人群历史的联系具有里程碑意义。
未来，随着更多埃及及北非古DNA样本的取得和分析，将会进一步丰富对该地区人类历史迁徙、文化融合与生物多样性演变的理解，不仅助力人类学家和考古学家，也为公众呈现一个更加立体和真实的古埃及面貌。随着科技进步和数据积累，古基因组研究正在打开通往古代文明内在联系及演变机制的新大门，让我们得以洞察数千年前人类的生活、迁徙与交流，桥接过去与今天，助力未来遗产保护和文化传承。
