古埃及文明作为人类历史上最为辉煌且持续时间最长的文明之一，其人口的起源与基因构成长期以来一直是考古学、历史学和遗传学关注的重要课题。由于埃及干旱的气候条件及土壤特有的酸性，导致古代DNA的保存极其困难，使得先前有关古埃及早期人群基因组的研究相对匮乏。然而，2025年发表在《自然》杂志上的一项研究首次成功测序了一名来自努维拉特墓地的古埃及男性个体的全基因组，为理解古埃及王国时期的人口结构和迁徙历史开辟了新的视角。努维拉特遗址位于今开罗以南约265公里的贝尼哈桑附近，出土的这具遗骸经放射性碳测定，其年代约为公元前2855年至2570年，正值埃及由早期王朝迈入古王国时期的过渡阶段，距埃及统一不久。这一时期是埃及文明趋于稳定并达成诸多文化成就的关键时期，包括阶梯金字塔和吉萨大金字塔的兴建。该个体的遗骸安放于陶罐内，葬于岩壁墓穴之中，此种葬俗较为特殊，暗示其可能拥有较高的社会身份。
经过深入的基因提取和单链DNA文库构建，研究团队成功获得了约2倍基因组覆盖度的全基因组数据。通过与数千个现今和古代不同地区基因组的比较分析，努维拉特样本显示出其基因构成主要来源于新石器时代北非地区，与当下摩洛哥古代遗址中约公元前4780年至4230年的中石器晚期群体的基因非常相似。与此同时，其基因组中约20%左右的成分与近东肥沃月湾地区、尤其是公元前9000年至8000年间新石器时代美索不达米亚人群的基因组相关，这种与东方肥沃月湾地区的遗传连结，也在新石器时代至青铜时代的安纳托利亚和黎凡特地区人群中有所出现。多重人口建模分析排除了单一来源的假设，反而支持该男性个体基因组是北非新石器人群与东方近东文明人群混合的结果。这一发现不仅巩固了考古学中关于早期埃及与近东文化交流的论断，也为人类迁徙和遗传流动提供了新的实证依据。传统观点中，古埃及人口被认为以本地人为主，外来基因输入较少，然而考古学证据显示早在公元前六千年甚至更早，埃及与肥沃月湾边缘地区就已存在动植物驯养、陶器以及文化技术的交流。
此次基因组数据的结果显示，这种文化交流同时伴随着人口流动，形成了基因层面的混合景象，为人们描绘了一个更为动态且复杂的人口历史场景。生物考古学对该个体牙齿形态和头骨测量的分析，与分子遗传结果获得的祖源信息一致，进一步支持了这一区域内古代人口的亲缘关系和迁徙模式。体质分析还显示这名努维拉特男性年逾四十，平均身高约157-160厘米，拥有棕色眼睛和棕色头发，皮肤色素预测多为深色至黑色，符合当时北非埃及人群的自然形态。骨骼病理显示他经历了长期的体力劳动，关节炎及磨损明显，推测其职业可能与制陶工匠类似，尽管其葬俗显示出较高社会地位，这一点在当时是较为罕见的现象。牙齿和骨骼的稳定同位素分析进一步证明了其生于尼罗河谷的干旱环境中，饮食以谷物（小麦、大麦）和陆生动物蛋白为主，氮的同位素比例升高可能受当地土地施肥及环境等因素影响。古DNA的保存得益于其独特的陶罐葬礼形式，保护了遗骸免受极端环境的破坏，为基因组数据的获取提供了良好条件。
全基因组的系统分析结果表明，努维拉特男性遗传谱系内没有显著的近亲婚配或高度同质的遗传路径，说明其先前族群内部存在足够的遗传多样性。区域比较研究显示，该个体的基因成分与当代北非和西亚群体存在较强亲缘关系，而与撒哈拉以南非洲古埃及时期后期样本出现的非洲身份成分存在显著差异。通过对比埃及第三中间期晚期（约公元前787年至公元23年）已知基因组，研究发现此时期人群相比古王国时期增加了更多来自青铜时代黎凡特地区群体的基因输入，表明古埃及人口随着时间推移经历了复杂的基因流动和混合过程。这些基因流动可能与历史上的文化变迁、政治入侵和贸易联系密切相关，如起源于青铜时代及铁器时代东地中海的迦南人迁徙和希克索斯（Hyksos）统治时期，都留下了遗传上的印记。现今埃及人群基因组研究表明，他们的祖源构成呈现高度多样性，主要来源包括早期的努维拉特及中石器时代北非群体，青铜时代黎凡特和更晚期的非洲内陆群体，显示了古埃及人口在时间和地理上的演变轨迹。综合基因、考古及生物人类学证据，努维拉特基因组的研究为了解古埃及早期王国时期的人口结构提供了科学基础，揭示了埃及早期文明不仅是文化上的独立发展，也包含了迁徙和基因交流的动态元素。
与此同时，这一研究强调了古DNA技术在极端环境中获取早期文明遗传信息的可行性，开启了埃及古代DNA研究的新纪元。未来通过更多个体全基因组测序的积累，科研人员将进一步解构这一区域内古代人口的互动网络、社会结构以及历史迁徙模式，深化对埃及千年文明面貌的全面理解。
